Es en la Alta Edad Media cuando se inicia el desarrollo de la villa de Santillana. Entre los siglos VIII y IX una pequeña comunidad religiosa, amparada por el reino Astur, se asentó en un lugar conocido como Planes, fundando un monasterio que guardaba las reliquias de Santa Juliana de Bitinia. Esta mártir (Santa Illana), a la que se dedica el edificio, terminó por dar nombre a la villa en el siglo XII.

Desde el siglo IX fue consolidándose el poder económico del monasterio y la importancia de Santillana como centro religioso (el ramal costero del Camino de Santiago llegaba hasta aquí). Este esplendor espiritual y material, que se ve favorecido por la concesión de primer fuero al monasterio en 1045, desembocó en la transformación de la abadía en colegiata y en la renovación de su fábrica en estilo Románico, ya avanzado el siglo XII.

Durante el siglo XIII se consumó la decadencia del dominio monasterial de Santillana, que había quedado convertido en iglesia colegial dependiente de la Diocésis de Burgos. Sin embargo la villa se convierte en capital de la Merindad de las Asturias de Santillana y en sede permanente del merino. Paulatinamente el poder de las familias nobiliarias fue aumentando, dando lugar en el siglo XV a la conversión de Santillana en marquesado bajo el dominio de la Casa de los Mendoza.

El poder monasterial y posteriormente el señorío nobiliario convirtieron a Santillana en una villa de carácter conventual y señorial, como ha quedado reflejado en su rico patrimonio artístico.