Durante el siglo XVI tuvo lugar en Laredo un fuerte desarrollo económico que dio lugar a la reforma del puerto, con la finalidad de adecuarlo al comercio con Europa y América, y a la renovación de la villa, que llega de la mano de una nueva arquitectura civil y religiosa, la renacentista.

Símbolo del destacado papel alcanzado por el poder civil en la villa de Laredo se levantaron en el siglo XVI las Casas Consistoriales, situándolas en pleno centro de la actividad mercantil, junto a los muelles.

También durante el Renacimiento los monjes franciscanos abandonaron su monasterio de Barrieta y se instalaron en el Arrabal, construyendo el clasicista Convento de San Francisco.

En el interior de la iglesia se encuentran un magnífico retablo del siglo XVII dedicado a San Francisco y numerosas capillas privadas fundadas por poderosos nobles laredanos como los Marroquines, los Alvarado, los Salazar, etc. Estas capillas aparecen ricamente decoradas, en ocasiones con valiosos retablos. En una de ellas se conserva la estatua orante de Don Felipe Vélez Cachupín. Actualmente el convento está ocupado por las Madres Trinitarias y algunas de las salas del edificio están habilitadas como museo de arte sacro.

Los nobles laredanos, que se habían convertido en promotores de las capillas privadas del convento de San Francisco y de las obras de renovación de la iglesia de Nuestra Señora de la Asunción, dejaron también su impronta en la arquitectura civil privada, tanto de época renacentista como barroca. En general se trata de edificios que responden a las características de las casonas y palacios montañeses. Se conservan algunas del siglo XVI, como la Casa de los Villota, que había sido ocupada por los frailes franciscanos hasta la construcción de su convento, y la Casa donde habitó el corregidor de la Hermandad de las Cuatro Villas de Costa, conocida como la Casa del Condestable. Del siglo XVII se conserva la Casa de la familia Mar y del XVIII la Casa de Zaráuz y la de Diego Cacho. Todas ellas presentan en sus fachadas los ricos escudos con las armas de sus linajes.

La preponderancia que había alcanzado Laredo desde el siglo XVI como autoridad territorial de la Hermandad de las Cuatro Villas de la Costa había avivado desde ese momento el deseo de obtener de modo oficial la titulación de capital de esta demarcación territorial. Ya en la segunda mitad del siglo XVIII obtuvo el anhelado título que terminó con la autodenominación de ésta como capital del Bastón de Laredo.