Este brazo de mar, constituirá en la edad media el primer puerto de Santander. A partir del siglo IX tenemos noticia de la existencia de una abadía, origen no sólo de la catedral sino de la ciudad entera. El actual edificio de la catedral se comenzó en el útimo tercio del siglo XII, tras la concesión del Fuero a la villa de Santander, empezándose entonces la parte baja, es decir la iglesia de El Cristo. Enseguida se comenzó la edificación de la Abadía de los Cuerpos Santos (actual Catedral), que estaría en construcción durante el primer tercio del siglo XIII, completándose posteriormente con el claustro.

Así pues, a finales del siglo XIII y principios del XIV, la ciudad de Santander, la Puebla Vieja o Alta, se extendía de forma lineal, a la manera de otras ciudades medievales, a lo largo de una pequeña colina que se adentraba en la bahía en dirección O-E, rematada por los dos edificios más importantes de la villa situados al final del promontorio: la iglesia colegial y el castillo de San Felipe.

Durante la Baja Edad Media la villa se va extendiendo hacia el Norte y aparece la Puebla Nueva o Baja, al otro lado del arroyo de Becedo como muestra el grabado de Braun . Será el lugar de asentamiento de los nuevos grupos sociales de comerciantes, posaderos... ligados al desarrollo comercial de la villa, población claramente diferente de la de la Puebla Vieja, constituida en su mayor parte por pescadores y marineros.